1093年(寛治7)に篤子内親王を中宮とし、1096年(嘉保3)には、重病に臥しましたがまもなく快復しました。長ずるにおよび、藤原師通などの賢臣の補佐を得て政務に精励し、1099年(康和元)には、「荘園整理令」を発布、また僧徒の蜂起を制止するなどの政治力を示し、「末代の賢王」と称せられます。
一方で、和歌や管絃(笙・笛)の道に長じ、1102年(康和4)に「堀河院艶書合」を主催、『金葉和歌集』を初出として、勅撰集への入集は9首に及びました。1103年(康和5)に、宗仁親王(のちの鳥羽天皇)が生れ、皇太子に立てましたが、1107年(嘉承2年7月19日)に、京都において、数え年29歳で亡くなり、墓所は後円教寺陵(現在の京都市右京区)とされています。