
東京帝国大学経済学部へ進み、吉野作造の民本主義や新渡戸稲造の影響を受け、1917年(大正6)に卒業後、住友総本店に入社、住友別子鉱業所に勤務しました。1920年(大正9)に東京帝国大学経済学部助教授に就任し、植民政策の講座を担当、欧州へ留学し、翌年帰国します。
1923年(大正12)に東京帝国大学経済学部教授に昇任、1926年(大正15)には、『植民及植民政策』を刊行しました。1932年(昭和7)に満州調査旅行中の劇的体験によりキリスト教伝道を決意し、月刊「通信」刊行を開始します。
1936年(昭和11)に。岩波書店から『民族と国家』を発行(翌年発禁処分)、翌年の盧溝橋事件の直後、雑誌「中央公論」に発表した論文「国家の理想」の反軍・反戦思想が問題となり大学を辞職(矢内原事件)しました。1938年(昭和13)に雑誌「嘉信」を発行(1944年に廃刊)、1939年(昭和14)には、少数の青年に古典を講ずる「土曜学校」を開くようになり、キリスト教信仰に基づく信念と平和主義を説き続けます。
太平洋戦争後、1945年(昭和20)に、大内兵衛らとともに東京帝国大学に復帰、1946年(昭和21)に社会科学研究所長、1948年(昭和23)に経済学部長、1949年(昭和24)には、初代教養学部長となりました。1951年(昭和26)に東京大学総長(1957年まで)となり、翌年起きた東大ポポロ事件では、総長として大学の自治と学問の自由を守るために毅然とした態度を取ります。
1958年(昭和33)に名誉教授となりましたが、福音と平和のために残りの生涯をささげ、1961年(昭和36)12月25日に、東京において、68歳で亡くなりました。



