総合雑誌『改造』8・9月号に細川の論文「世界史の動向と日本(前・後編)」が掲載されたことに対し、9月11日に川田寿と夫人・定子が神奈川県特高にスパイ容疑で検挙された事件と関連付けられます。そして、9月14日に「日本読書新聞」に陸軍報道部長の谷萩那華雄が掲載した書評「戦争と読書」の中で「共産主義宣伝」であると指弾され、細川が「出版法」違反で神奈川県特高に検挙され、『改造』は発禁処分を受けました。
さらに、細川の知人や関係者が次々と検挙されていきましたが、その中で、翌年5月11日に満鉄調査室の西沢富夫と平館利雄が検挙され、西沢の家宅捜索で警察は、泊旅行の時の1枚の写真を発見します。5月26日にこの写真(泊旅行)に細川とともに写っていた『改造』編集部相川博ら7名が、神奈川県特高に検挙され、山手署に留置の上、柄沢六治警部補、佐藤兵衛巡査部長らによって、共産党再建の謀議(泊共産党再建事件)があったのではないかと拷問・虐待を受けました。
これが、戦争に批判的であったジャーナリズムへの弾圧に拡大され、9月9日には、政治経済研究会関係の8名が一斉検挙(政治経済研究会グループ事件)されます。さらに、1944年(昭和19)1月29日から4月にかけて、『中央公論』、『改造』の編集者が検挙(中央公論・改造事件)され、30名余が逮捕、投獄されました。
同年6月に、『改造』、『中央公論』は廃刊のやむなきに至り、7月10日には、改造社、中央公論社が解散を命じられ、続いて、日本評論社や岩波書店の編集者も検挙されるという一大マスコミ弾圧へと至ります。これらの一連の取り調べの過程で、激しい拷問が行われ、数名が獄死、多数が負傷するという痛ましい犠牲を出しました。
事件関係者は「治安維持法違反」で起訴され、太平洋戦争後の9月に、やっと公判が開かれ、細川を除く全員が懲役2年、執行猶予3年の判決となり、細川も10月の「治安維持法」廃止により釈放され、翌月には審理打ち切り・免訴となります。1947年(昭和22)に、元被告33名が当時手を下した元特高警察官28名を告訴、1952年(昭和27)には、最高裁判所で内、3名に対し、有罪判決が出され、実刑が確定したものの、4月の「サンフランシスコ平和条約」発効時の大赦令により元特高警察官3名は釈放され、実刑には服しませんでした。
その後、元被告たちは1986年(昭和61)以来、再審請求をしてきたものの、2度棄却されて1998年(平成10)の第3次請求に対して、ようやく2005年(平成17)3月の東京高裁決定で再審開始が認められ、2010年(平成22)の再審公判判決で、5名の無罪とその刑事補償が認定されましたが、その他の被害者については未決のままとなってきました。
「中央公論」と並ぶ二大総合誌としての声価を得ましたが、民衆解放の主張を掲げ、自由主義・社会主義的論文を多く掲載、海外新思想、新知識の導入に貢献したとされます。河上肇、櫛田民蔵、山川均、大森義太郎ら社会主義思想家の寄稿を多く求め、B.ラッセル,サンガー夫人,アインシュタインなどの外国知識人を招いて、海外の新思想の紹介に努めました。
一方で、文芸欄にも力を注ぎ、志賀直哉『暗夜行路』、芥川龍之介『河童』、堀辰雄『風立ちぬ』、幸田露伴『運命』、谷崎潤一郎『卍』など、近代の日本文学史に残る名作を掲載、また、新進作家の登龍門としても知られています。しかし、戦時下においては、泊事件、横浜事件などの思想・言論弾圧を受け、1944年(昭和19)の6月号で休刊となりました。
太平洋戦争後の1946年(昭和21)に復刊しましたが、経営は思うに任せず、1952年(昭和27)の山本実彦の死去により急速に衰退し、1954年(使用を29)末以来の解雇を発端とする争議の結果、改造社の倒産と運命を共にして、1955年(使用を30)2月号で廃刊となります。
1904年(明治37)に、滝田樗陰(ちょいん)が編集者となり、自由主義的な代表的総合誌として発展、明治時代末には、雑誌「太陽」と並び称せられるようになります。また、1905年(明治38)に、200号記念号を発刊し、夏目漱石の『薤露行』、幸田露伴の『付焼刃』、泉鏡花の『女客』等を掲載するなどして、文壇の登竜門ともされるようになりました。
1912年(大正元)に、滝田樗陰が中央公論主幹となり、1914年(大正3)には、社名を中央公論社と改め、1916年(大正5)には、「婦人公論」も創刊されます。時事評論では、吉野作造や大山郁夫らを重用して、大正デモクラシー運動の指導誌となりました。
昭和時代になると、1928年(昭和3)に嶋中雄作が社長に就任、「改造」と並ぶ総合雑誌の双璧として、自由主義的、反軍国主義的方針を貫こうとしたものの、昭和10年代にはしばしば言論弾圧を受けるようになります。太平洋戦争下の1944年(昭和19)の横浜事件を契機に解散させられ、雑誌の発行も絶たれました。
戦後ただちに会社として再建され、1946年(昭和21)に復刊、1949年(昭和24)に社長嶋中雄作が亡くなると次男鵬二(ほうじ)が社業を継ぎます。1955年(昭和30)に「改造」の廃刊後は、「世界」と共に総合雑誌界を2分するようになりました。
広津和郎「松川裁判」の長期連載など、数々の話題作を掲載しましたが、1960年(昭和35)12月号の深沢七郎「風流夢譚」がきっかけにして、右翼の攻撃を受け、社長宅が襲われ嶋中夫人が負傷、家政婦が死亡するテロ事件(風流夢譚事件)に発展、社会に大きな衝撃を与えます。その後、雑誌のほか各種の図書、全集類(『日本の文学』『日本の歴史』等)、「中公新書」「中公文庫」などを刊行し、業績を拡大したものの、1997年(平成9)に鵬二社長が死去、経営危機が表面化しました。
その後、1999年(平成11)に読売新聞社に譲渡され、読売の100%子会社である中央公論新社に出版活動が引き継がれています。