これは、天武天皇の時に着手され、舎人親王が中心となって、完成した日本最初の国史でした。全30巻（1、2は神代、巻3～30は神武天皇から持統天皇まで）で、系図1巻を付すとされていますが現存していません。
漢文の編年体で記述され、同時代に成立した『古事記』よりも詳細で、かつ異説や異伝までも掲載し、客観性がみられ、史書として整っているとされてきました。帝紀・旧辞のほか諸氏の記録、寺院の縁起、朝鮮側資料などを利用して書かれたと考えられますが、漢文による潤色が著しく、漢籍や仏典をほとんど直写した部分もあります。
神代巻や古い時代の巻は多量の神話や伝説を含み、また歌謡128首も掲載されるなど、上代文学史上においても貴重なものとされてきました。
以後、『続日本紀』、『日本後紀』、『続日本後紀』 、『日本文徳天皇実録』、『日本三代実録』と作成されて、これら６つの国史をあわせて、六国史と呼んでいます。
〇六国史とは？
奈良時代から平安時代前期に、編纂された以下の６つの官撰の正史のことで、おおむね編年体で記されています。
(1)『日本書紀』 720年（養老4）完成 撰者は、舎人親王
全30巻（他に系図1巻は失われた）で、神代から持統天皇まで（？～697年）を掲載する
(2)『続日本紀』 797年（延暦16）完成 撰者は、菅野真道・藤原継縄等
全40巻で、文武天皇から桓武天皇まで（697～791年）を掲載する
(3)『日本後紀』 840年（承和7）完成 撰者は、藤原冬嗣・藤原緒嗣等
全40巻（10巻分のみ現存）で、桓武天皇から淳和天皇まで（792～833年）を掲載する
(4)『続日本後紀』 869年（貞観11）完成 撰者は、藤原良房・春澄善縄等
全20巻で、仁明天皇の代（833～850年）を掲載する
(5)『日本文徳天皇実録』 879年（元慶3）完成 撰者は、藤原基経・菅原是善・嶋田良臣等
全10巻で、文徳天皇の代（850～858年）を掲載する
(6)『日本三代実録』 901年（延喜元）完成 撰者は、藤原時平・大蔵善行・菅原道真等
全50巻で、清和天皇から光孝天皇まで（858～887年）を掲載する
〇『日本書紀』卷第一の冒頭部分
＜原文＞
神代上
古、天地未剖、陰陽不分、渾沌如鶏子、溟涬而含牙。及其淸陽者薄靡而爲天・重濁者淹滯而爲地、精妙之合搏易、重濁之凝竭難。故、天先成而地後定。然後、神聖、生其中焉。故曰、開闢之初、洲壞浮漂、譬猶游魚之浮水上也。于時、天地之中生一物、狀如葦牙。便化爲神、號國常立尊。至貴曰尊、自餘曰命、並訓美舉等也。下皆效此。次國狹槌尊、次豐斟渟尊、凡三神矣。乾道獨化、所以、成此純男。
＜読み下し文＞
神代上（かみのよのかみのまき）
古（いにしえ）天地（あめつち）未だ剖（わか）れず、陰・陽、分かれざりしときに、渾沌たること鷄（とり）の子の如くして、溟涬（ほのか）に牙（きざし）を含めり。其（そ）れ清く陽（あきらか）なるは、薄靡（たなび）きて天（あめ）と爲り、重く濁れるは、淹滞（つつ）いて地（つち）と爲るに及びて、精（くわ）しく妙（たえ）なるが合えるは摶（むらが）り易（やす）く、重く濁れるが凝（こ）るは竭（かたま）り難し。故（かれ）、天（あめ）先（ま）ず成りて、地（つち）後に定まる。 然して後に、神聖（かみ）其の中に生る。故、曰く、開闢の初めに洲壤（くにつち）浮き漂うこと譬（たと）えば游（あそ）ぶ魚の水の上に浮べるが猶（ごと）し。 時に、天地の中に一つ物生（な）れり。 状（かたち）葦牙（あしかび）の如（ごと）し。便（すなわ）ち神と化爲（な）る。 國常立尊（くにのとこたちのみこと）と號（もう）す。【至りて貴きを尊と曰い、それより餘（あまり）を命と曰う。並びに美（み）舉（こ）等（と）と訓（よ）む。下（しも）皆（みな）此（これ）に效（なら）え】
次に國狹槌尊（くにのさづちのみこと）。次に豐斟渟尊（とよくむぬのみこと）。凡（およ）そ三はしらの神。 乾道（あめのみち）獨（ひと）り化（な）す。 所以（ゆえ）に此れ純（まじりなき）男（お）と成す。
